Более 600 000 гектаров занимает самая большая на Кубе охраняемая территория Сапата, имеющая статус водно-болотного угодья международного значения, который был ему присвоен главным образом из-за водоплавающим птиц. Здесь же обитают более 3000 кубинских крокодилов - крупнейшая популяция находящихся под угрозой исчезновения пресмыкающихся. Самки делают до 300 гнезд, места хватает не всем, поэтому крокодилица, которая хочет вывести потомство, может раскопать чужую кладку. В национальном парке Сапата обитают сухопутные кубинские игуаны, одна из самых маленьких в мире лягушек, которая умещается на кончике пальца Eleutherodactylus limbatus.
В биосферном заповеднике Сьерра-дель-Росарио, в безлюдных горах, обитают 10 видов хутий (грызунов), большинство находится под угрозой исчезновения.
